Voor het gebruik van de door de franchisegever ontwikkelde formule dient franchisenemer aan de organisatie vergoedingen te betalen. De wijze waarop dit gebeurt, is per franchiseformule sterk verschillend. Wij bespreken slechts de meest voorkomende vergoedingen.

Entree-fee
Deze vergoeding wordt in rekening gebracht als vergoeding voor de investeringen, zowel in tijd als in geld, die de franchise-organisatie heeft gedaan ten behoeve van de ontwikkeling van het franchiseconcept. Ook wordt een deel van de kosten voor het opstarten van deze specifieke vestiging hieruit betaald. Het is een eenmalig bedrag, ineens te betalen bij de start van de samenwerking.

Royalty, franchisevergoeding, franchisebijdrage
De franchise-organisatie zal de formule moeten onderhouden en permanent moeten ontwikkelen. De concurrentiepositie van de franchise-organisatie moet gewaarborgd blijven danwel verder verbeterd worden. De vergoeding voor deze activiteiten is de royalty, die vaak als percentage van de omzet wordt berekend en periodiek, bijvoorbeeld per maand, in rekening gebracht. Diverse andere royaltybepalingen komen in de praktijk ook voor, zoals een vast bedrag ("fixed-royalty") per jaar, te voldoen per maand. De royalty bevat ook een winstcomponent voor de franchisegever.Reclamebijdrage Het opstellen van het reclame- en promotiebeleid, de voorbereiding van de reclame-activiteiten en de uitvoering vindt centraal plaats. De kosten van deze inspanningen door de franchisegever worden berekend aan de franchisenemer. De reclamebijdrage wordt vaak als een percentage van de omzet berekend. Ook andere methoden worden toegepast.

Redelijkheid van vergoedingen
De vraag of een stelsel van vergoedingen redelijk is, kan niet eenvoudig worden beantwoord. Veel hangt namelijk af van de bijzondere kennis en vaardigheden, die de franchisegever te bieden heeft en de omvang van de investeringen, die hij moet doen in de formule. Daarnaast zal de hoogte van de vergoedingen met name afhangen van de investeringen en de exploitatievooruitzichten van een "standaardonderneming" in de franchise-organisatie. Het is van het grootste belang dat er evenwicht bestaat tussen wat een franchise-organisatie moet ontvangen en wat de franchisenemers verantwoord kunnen betalen. De beste waarborg voor continuïteit van de franchiseformule is immers gebaseerd op winst voor zowel franchisegever als franchisenemer